查询合作医疗是否交费可以通过以下方式进行:
1. 在社保局网站上登录个人账户进行查询；
2. 在社保局自助查询机上查询；
3. 到社保局窗口咨询工作人员进行查询。
需要注意的是，不同地区的社保局查询方式可能会有所不同，若以上方式不能满足需求，可以拨打当地的社保局咨询热线进行查询。同时，也可以通过社保局官方网站上的联系方式进行咨询。
另外，如果由于某些原因未在规定时间内缴纳医疗保险费用，可前往当地社保局补缴。
