医院合作医疗报销有以下流程：
1. 核查医保资格：申请报销前需要确认该患者是否符合当地医保资格要求。
2. 医疗费用结算：治疗结束后，患者需持有医院发放的结算凭证和处方票到窗口办理费用报销手续。
3. 提交资料：需要提供患者的个人信息、住院病历、医保凭证、发票、处方等相关资料并填写申请表。
4. 审批流程：医院将审核提交的报销申请和资料，经过医疗保险部门多个环节的审批，最终确定报销金额。
5. 报销流程：经过审核的报销金额将由医保部门转入患者的个人账户中，如果账户内余额不足，则医院需要等待资金拨付后再给患者退费。同时，如果患者还有其他医保报销项目，可以在一起办理报销手续。
需要注意的是，每个地区的医保政策和报销标准可能不同，因此具体操作流程和报销金额以当地医保政策为准。
